I 1999 blev reglerne i fusionsskatteloven, selskabsskatteloven og virksomhedsomdannelsesloven ændret således at der skulle gives ligningsmyndighederne meddelelse senest en måned efter at en skattefri transaktion havde fundet sted. Blev fristen overskredet, var transaktionen skattepligtig. Ganske mange skatteydere har siddet denne frist overhørig med store skattemæssige konsekvenser til følge. Ved lov nr. 339 af 16. maj 2001 kan man bortse fra fristen på 1 måned. Det er dog en betingelse, at overskridelsen af fristen ikke skyldes skattespekulation.
Der er endvidere indsat en ny bestemmelse i virksomhedsskatteloven om, at såfremt aktiernes anskaffelsessum bliver negativ eller indskudskontoen negativ i forbindelse med skattemyndighedernes opgørelse af aktiernes anskaffelsessum, så kan omdannelsen bibeholdes som værende skattefri, såfremt skatteyderen udligner indskudskontoen eller indbetaler til selskabet til udligning af den negative anskaffelsessum (Lov nr. 339 af 16. maj 2001).